上海申通地铁建设集团作为上海市轨道交通崇明线越江隧道工程项目的法人单位，在隧道埋设深度发生较大调整后，未按照规定开展补充或者重新评价、重新报送我部审核，而开工建设。该行为违反了《中华人民共和国航道法》《航道通航条件影响评价审核管理办法》等有关规定。我部依据《中华人民共和国航道法》第三十九条第一款的规定，对上海申通地铁建设集团给予了行政处罚。